водоёмы Арало – Сырдарьинского бассейна, биоразнообразие, метагеномика, бактериофаги.

Цель проекта - изучить биоразнообразие бактериофагов в экологически неблагополучных регионах Арало-Сырдарьинского бассейна для оценки антропогенного влияния на водные экосистемы.

экологические, вирусологические и молекулярно-биологические

В результате исследований за 2018 год на основании литературных данных был проведён предварительный анализ экологического состояния различных водоемов Арало-Сырдарьинского бассейна. Водоём высокого уровня загрязнения представляет собой река Келес, а нормативно чистыми водоемами считаются реки Боген и Катта-Бугинь. Остальные исследованные водоемы относились к объектам с умеренным уровнем загрязнения. Были установлены возможные сроки взятия водных проб для изучения разнообразия бактериофагов Арало-Сырдарьинского бассейна. Осуществлен сбор 2 образцов из экологически благополучных водоемов Арало – Сырдарьинского бассейна: рек Боген и Катта-Бугинь и 9 образцов из экологически неблагополучных водоемов Арало – Сырдарьинского бассейна. Из всех отобранных образцов был выделен вируссодержащий материал необходимый для дальнейшего изучения биоразнообразия бактериофагов.

Из сконцентрированного вируссодержащего материала, полученного из водных образцов, собранных в различных регионах Арало – Сырдарьинского бассейна, были получены вирусспецифические нуклеиновые кислоты для дальнейшего изучения разнообразия бактериофагов методом секвенирования нового поколения.

связана с выяснением биоразнообразия бактериофагов водных экосистемах Арало-Сырдарьинского бассейна, и возможным использованием бактериофагов в качестве новой системы биоиндикации экологического состояния водоёмов.

Водоёмы Арало – Сырдарьинского бассейна, нуклеиновые кислоты, метагеномика, вирусное разнообразие.

Изучить биоразнообразие бактериофагов в экологически неблагополучных регионах Арало-Сырдарьинского бассейна для оценки антропогенного влияния на водные экосистемы.

Экологические, вирусологические и молекулярно-биологические

Были получены 11 геномных библиотек из нуклеиновых кислот, выделенных из собранных в различных регионах Арало – Сырдарьинского бассейна водных образцов. Проведено массивное параллельное секвенирование полученных библиотек на приборе MiSeq с использованием набора MiSeq Kit v3. В результате было получено 22 базы данных каждая из которых содержала от 706015 до 6302417 миллионов ридов. Предварительный биоинформационный анализ, показал, что до 99,5 % ридов были аннотированы и отнесены к последовательностям трех клеточных доменов и вирусам. Установлено, что количество вирусных последовательностей варьировало от 1%-7%, среди них были выявлены вирусы с различным типом нуклеиновой кислоты, наиболее многочисленные из которых были вирусы, обладающие дцДНК и оцРНК. ОцДНК – и дцРНК вирусы присутствовали во всех исследуемых образцах, их количество не превышало 1%. Было выявлено, что кроме основных семейств бактериофагов, среди дцДНК вирома, водные образцы содержат значительное количество последовательностей вирусов, поражающих фито- и зоопланктон, относящихся к семействам Phycodnaviridae и Mimiviridae. Среди последовательностей РНК содержащих вирусов было обнаружено 5 порядков: Bunyavirales, Mononegavirales, Nidovirales, Picornavirales, Tymovirales, 12 семейств и группа неклассифицированных РНК вирусов во всех исследуемых водоемах.

Было изучено вирусное разнообразие 11 водоемов Арало – Сырдарьиснского бассейна с разной степенью загрязнения

связана с выяснением биоразнообразия бактериофагов водных экосистемах Арало-Сырдарьинского бассейна, и возможным использованием бактериофагов в качестве новой системы биоиндикации экологического состояния водоёмов.

водоёмы Арало – Сырдарьинского бассейна, геномная ДНК, вирусы.

Изучить биоразнообразие бактериофагов в экологически неблагополучных регионах Арало-Сырдарьинского бассейна для оценки антропогенного влияния на водные экосистемы.

вирусологические, молекулярно-биологические, микробиологические

Впервые было проведено изучение разнообразия вирома водоемов Арало - Сырдарьинского бассейна. Полученные результаты: был проведен анализ экологического состояния различных водоемов Арало-Сырдарьинского бассейна. Показано, что водные объекты региона относятся к трем группам степени загрязнения. Со всех трех групп водоемов собраны образцы. После ступенчатого концентрирования из исследуемых образцов были выделены нуклеиновые кислоты и подготовлены метагеномные библиотеки. Проведено секвенирования 6 метагеномных библиотек в результате которого было получено 12 баз данных, каждая из которых содержала от 1768633 до 2346461 ридов. В результате таксономической классификации, что количество вирусных последовательностей варьировало от 0,9% до 5,2%, Среди них было выявлено до 26 семейств дцДНК вирусов. Таксономический анализ оцДНК вирома выявил присутствие 8 семейств вирусов. Показано, что в водных образцах, кроме автохтонных вирусов типичных для гидроэкосистем, присутствуют бактериофаги микроорганизмов, вызывающих заболевания человека и животных. Была создана лабораторная коллекция из 6 штаммов бактериофагов лизирующих E. coli, база данных, объединяющих представителей 7 семейств вирусов. Составлены рекомендации по возможному использованию фагов для оценки состояния водных объектов. По результатам исследований опубликовано 13 работ, из которых 4 входят в международную базу данных.

Было изучено разнообразие бактериофагов в различных водоемах Арадо - Сырдарьинского бассейна, составлена база данных по фрагментам геномов, объединяющих представителей 7 семейств вирусов,создана лабораторная коллекция из 6 штаммов бактериофагов, лизирующих E. coli, выделенных из водоема Арадо - Сырдарьинского бассейна. Составлены рекомендации по возможному использованию фагов для оценки состояния водных объектов.

связана с изучением биоразнообразия бактериофагов водных экосистемах Арало-Сырдарьинского бассейна, и возможным использованием бактериофагов в качестве новой системы биоиндикации экологического состояния водоёмов.