Объектами исследования являлись образцы ДНК B. anthracis.

Цель этапа – создание коллекции образцов ДНК выделенных из штаммов Bacillus anthracis, MLVA типирование 50 штаммов по 25 VNTR маркерам и определение нуклеотидной последовательности аллелей 25 VNTR маркеров для верификации результатов.

Поставленные цели и вытекающие из нее задачи были выполнены с использованием микробиологических, молекулярно-генетических и информационных методов.

В результате проведенных исследований: проведен посев на селективные питательные среды 165 коллекционных штаммов Bacillus anthracis, на стадии вегетативных форм была проведена инактивация штаммов; из инактивированной биомассы 165 штаммов Bacillus anthracis была выделена ДНК, суммарный выход составил не менее 1 мкг; проведено MLVA типирование по 25 VNTR маркерам 50 штаммов Bacillus anthracis для верификации данных получаемых при капиллярном электрофорезе, 8 VNTR (Bams21, Bams24; Bams31; Bams51; Bams53; vrrB2 и vrrС2) маркеров инвариантны в исследуемой выборке из 50 штаммов, в остальных маркерах получено от 2 до 7 вариантов аллелей; для верификации данных получаемых при капиллярном электрофорезе определена нуклеотидная последовательности вариабельных аллелей 25 VNTR маркеров. Новизна результатов: создана коллекция ДНК 165 штаммов B. anthracis, генотипировано 50 штаммов методом MLVA-25, проведена верификация аллелей 25 VNTR локусов.

Результаты MLVA типирования позволят выявлять связь между штаммами, выделенными от животных и человека, инфицированных на одной и той же территории. Все это положительно скажется на эпидемиологической ситуации по сибирской язве. Штаммы с верифицированным профилем могут быть использованы в качестве контролей при MLVA типировании B. anthracis.

Эпидемиология, контроль за особо опасными инфекциями.

Объектами исследования являлись образцы ДНК B. anthracis.

Цель этапа – MLVA типирование штаммов Bacillus anthracis и анализ полученных результатов; отбор и полногеномное секвенирование штаммов B. anthracis; накопление бактериальной массы 50 штаммов Francisella tularensis.

Поставленные цели и вытекающие из нее задачи были выполнены с использованием молекулярно-генетических и информационных методов.

Проведено MLVA типирование 112 штаммов B. anthracis по 31 VNTR маркеру. Проведен анализ результатов MLVA типирования штаммов B. anthracis. В результате определено генетическое разнообразие, проведен кластерный анализ, построено минимальное островное дерево и определено географическое распределение генотипов. Отобраны 32 штамма B. anthracis и проведено их полногеномное секвенирование. Проведен посев на селективные питательные среды 50 коллекционных штаммов Francisella tularensis. Накоплена бактериальная масса данных штаммов, проведена инактивация и лизис клеток. Опубликована статья в рецензируемом журнале с ненулевым импакт-фактором. Новизна результатов: получены генотипы 159 штаммов B. anthracis и полногеномные данные 32 штаммов B. anthracis.

Результаты MLVA типирования позволили выявлять связь между штаммами, выделенными от животных и человека, инфицированных на одной и той же территории. Реализация проекта позволит внедрить в эпидемиологический мониторинг современные средства молекулярно-генетической типизации штаммов B. anthracis, что положительно скажется на эпидемиологической ситуации по сибирской язве.

Область применения: эпидемиология, контроль за особо опасными инфекциями.

Образцы ДНК B. anthracis и F. tularensis.

Изучить генотипы и геномные особенности возбудителей сибирской язвы и туляремии, циркулирующих в Казахстане с использованием высоко дискриминационных методов и полногеномного секвенирования, составить карту распределения генотипов для усовершенствования эпиднадзора за особо опасными инфекциями.

Поставленные цели и вытекающие из нее задачи были выполнены с использованием молекулярно-генетических и информационных методов.

В результате проведенных исследований: создана коллекция образцов ДНК, выделенных из 162 штаммов Bacillus anthracis, проведено MLVA типирование 155 штаммов Bacillus anthracis по 31 VNTR маркеру. Проведен анализ результатов MLVA генотипирования штаммов Bacillus anthracis. В результате определено генетическое разнообразие, проведен кластерный анализ, построено минимальное островное дерево и определено географическое распределение генотипов Bacillus anthracis в Казахстане. Отобраны 75 штамма Bacillus anthracis из разных кластеров и проведено их полногеномное секвенирование. Проведен посев на селективные питательные среды 50 коллекционных штаммов Francisella tularensis. Создана коллекция ДНК из 50 штаммов Francisella tularensis пригодных для полногеномного секвенирования. Проведен анализ результатов полногеномного секвенирования 75 штаммов Bacillus anthracis. Опубликованы методические рекомендации по генотипированию возбудителей сибирской язвы и туляремии. Проведен анализ результатов полногеномного секвенирования 50 штаммов Francisella tularensis. Депонированы бактериальные штаммы выделенные в ходе выполнения проекта. Новизна результатов: изучено генетическое разнообразие 155 штаммов B. anthracis методом MLVA-31, получены полногеномные данные и определены генетические особенности для 75 штаммов B. anthracis. Проведено полногеномное секвенирование и установлены генетические особенности 50 штаммов Francisella tularensis.

Реализация проекта позволит внедрить в эпидемиологический мониторинг современные средства молекулярно-генетической типизации штаммов Bacillus anthracis и Francisella tularensis.

Эпидемиология, контроль за особо опасными инфекциями.