Объектами исследования являлись образцы ДНК штаммов и изолятов P. multocida выделенных на территории Казахстана.

отобрать гены-мишени, провести подбор праймеров и флуоресцентных зондов, выделить ДНК из не менее 10 штаммов P. multocida, провести полногеномное секвенирование 10 штаммов и оптимизацию ПЦР для 3 пар праймеров.

Поставленная цель и вытекающие из неё задачи были выполнены с использованием микробиологических, молекулярно-генетических и информационных методов.

Отобраны генетические маркеры; подобраны 5 пар праймеров и 5 флуоресцентных зондов специфичных для Pasteurella multocida; выделена ДНК из 10 штаммов Pasteurella multocida для оптимизации условий ПЦР и полногеномного секвенирования; определена чистота и видовая принадлежности ДНК, идентичность нуклеотидных последовательностей к референтым штаммам P. multocida составила 100%; оптимизированы условия постановки ПЦР для выявления Pasteurella multocida с использованием 3 пар праймеров, отработаны параметры ПЦР при которых отмечается максимальная эффективность реакции и отсутствует неспецифический отжиг праймеров; проведено полногеномное секвенирование 10 штаммов Pasteurella multocida и оценено качество сырых данных; Новизна результатов: подобраны оригинальные праймеры, зонды и оптимизированы условия ПЦР для выявления Pasteurella multocida.

Подобранные праймеры и оптимизированные условия выявления Pasteurella multocida могут быть использованы в разработке ПЦР тест-системы для диагностики пастереллёза животных и птиц, что благоприятно отразится на эпизоотической ситуации.

ветеринария

Объектами исследования являлись образцы ДНК 22 штаммов и изолятов P. multocida.

Цель этапа: разработать протоколы постановки ПЦР с 5 парами праймеров, оценить специфичность и чувствительность разработанных протоколов, проанализировать данные полногеномного секвенирования штаммов и изолятов P. multocida циркулирующих в Казахстане.

Поставленная цель и вытекающие из неё задачи были выполнены с использованием микробиологических, молекулярно-генетических и биоинформатических методов.

В результате проведённых исследований: были разработаны 5 протоколов постановки ПЦР в режиме реального времени, 4 из которых характеризуются высокой специфичностью и чувствительностью. Специфичность была подтверждена на коллекции ДНК 92 видов бактерий и 3 видов эукариотических организмов. Предельная чувствительность составила от 1 до 30 геномных копий P. multocida. Были опубликованы статьи в отечественном журнале с ненулевым импакт фактором (ККСОН) и в рецензируемом зарубежном научном издании с ненулевым импакт-фактором, подана заявка на патент, были опубликованы данные полногеномного секвенирования и проведен анализ секвенированных геномов P. multocida циркулирующих на территории Казахстана. Новизна результатов: разработаны протоколы постановки ПЦР в режиме реального времени для выявления P. multocida.

Разработанные протокола обладают высокой эффективность и чувствительностью. Низкая себестоимость, подразумевают высокую экономическую эффективность разработанных протоколов ПЦР, что позволяет спрогнозировать широкое внедрение в ветеринарную практику, возможен эффект импортозамещения. Внедрение позволит улучшить диагностику пастереллёза.

Область применения: ветеринария, лабораторная диагностика, молекулярная эпидемиология.

Объектами исследования являлись образцы ДНК 22 штаммов P. multocida выделенные от сайгаков и домашних животных.

Разработать ПЦР тест-систему для диагностики пастереллёза животных и на основе результатов полногеномного секвенирования выделенных штаммов изучить генотипы P. multocida циркулирующие на территории РК.

Поставленная цель и вытекающие из неё задачи были выполнены с использованием молекулярных и информационных методов.

Была разработана ПЦР тест-система «RT-PCR-Pm» с чувствительностью не менее 152 фг (60 геномных копий P. multocida) и специфичностью позволяющей выявлять только ДНК P. multocida; были разработаны наборы выделения ДНК на основе центрифужных колонок с кремниевыми фильтрами; была выпущена пробная партия тест-системы «RT-PCR-Pm» в количестве 10 шт., каждая рассчитанная на постановку 55 реакций; была проведена апробация ПЦР тест-системы в условиях ветеринарной лаборатории с получением заключения о специфичности и чувствительности. По результатам проведенной работы опубликованы: 1 тезис, 2 статьи в отечественном журнале с ненулевым импакт-фактором и рекомендуемым ККСОН МОН РК, 2 статьи в рецензируемых зарубежных научных изданиях индексируемыми базами данных Web of Science или Scopus, и 1 публикация в рецензируемом зарубежном научном издании с ненулевым импакт-фактором. Новизна результатов НИР: была разработана отечественная тест-система для диагностики пастереллёза животных, были опубликованы данные полногеномного секвенирования штаммов P. multocida в международных базах данных Sequence Read Archive (SRA) и GenBank, были опубликованы 6 научных работ, подано заявление о выдаче патента Республики Казахстан на изобретение «Способ выявления Pasteurella multocida методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени», разработана научно-техническая документация на ПЦР тест-систему для выявления ДНК Pasteurella multocida «RT-PCR-Pm».

Была разработана ПЦР тест-система «RT-PCR-Pm» с чувствительностью не менее 152 фг (60 геномных копий P. multocida) и специфичностью позволяющей выявлять только ДНК P. multocida

Область применения результатов НИР: ветеринария, лабораторная диагностика.